Fwでテキストをベタうちにしてないとfxgファイル内でtransformタグというのがついてしまってそれがAiの方で影響してるっぽい。
とりあえずFwの方でテキストの調整をデフォルトに戻すか、fxgファイルをテキストエディタで開いて該当箇所をコメントアウトすればレイアウトは保たれます。(それでもアートボードにぴったり収まらない現象があって気持ち悪いですが)
<RichText x="1225" y="605" kerning="off" blendMode="normal" whiteSpaceCollapse="preserve" alpha="1"> <!-- <transform> <Transform> <matrix> <Matrix a="1.0936395759717314" d="1.09366391184573" tx="-82" ty="-55"/> </matrix> </Transform> </transform>--> ...