Beta2ではパッケージするときに
adt -package Main.air Main-app.xml Main.swf
とBeta1の時のようにするとパスワードを求められるのでまず最初のコンパイルの時には
証明書を作らないといけないみたい。
●自己証明書を作る
adt -certificate -cn SelfSign 2048-RSA Main.pfx yoropan
証明書の名前：-cn SelfSign
証明書の鍵の種類：2048-RSA
証明書のファイル名：Main.pfx
パスワード：yoropan
参考： Creating a self-signed certificate with ADT
これでMain.pfxという証明書ができるので晴れてパッケージ化できます。
●パッケージ化
adt -package -certificate Main.pfx -password yoropan Main.air Main-app.xml Main.swf
Beta1のときと比べると
-certificate Main.pfx -password yoropan
の部分が増えています。
参考： Exporting an AIR installation file using the AIR Developer Tool
追記：コマンドライン以外での証明書の作成手順がkamijo氏のブログで公開されています。
akihiro kamijo：Adobe AIR のデジタル署名機能について